Если экспортные модели Ju.86 имели неплохой успех, то дела на службе в люфтваффе шли неважно. Hесмотря на большую рекламу, создаваемую ему немецкой пропагандой, "Юнкерс" так и не смогла решить проблемы с дизелями Jumo-205С. В результате боеготовность Ju.86d в частях была низкой. Заклинивание поршней, коррозия сварки выхлопных патрубков - только две из этих проблем. Программа строительства ВВС от 1937г. предусматривала формирование 12 групп Ju.86 с 36 самолетами в каждой. Так как завод "Юнкерса" в Дессау не мог справиться с такими заказами, подключили новый завод "Хеншеля" в Берлин-Шенефельде.

Однако проблемы с дизелями Ju.86 и более высокие летные данные Hе.111b заставили пересмотреть эти планы. Заказ был сильно сокращен. Hеобходимость смены двигателей была такова, что однажды утром авиапромышленность "проснулась" с несколькими сотнями уже никому ненужных бомбардировщиков. Двумя годами позже, в 1940г. начальник штаба люфтваффе подполковник Пауль Дейхманн предположил, что эти самолеты стоило бы ввести в строй, переоснастив их бензиновыми двигателями и двойным управлением и использовать в авиашколах, так как передача Ju.52/3m в транспортные части серьезно нарушила работу школ. Однако этому плану воспротивились Мильх и Геринг.

Параллельно со сборкой Ju.86a-1k по шведскому контракту "Юнкерc" переделала Ju.86d-0 под пару тех же двигателей "Хорнет", с которыми был впервые облетан в начале 1937г. под обозначением Ju.86-V8. Это был чисто демонстрационный образец для зарубежных заказчиков. Зато Ju.86-V9, переделанный из Ju.86d-1 под лицензионный "Хорнет" - ВМW-132F, предназначался для испытания в Рехлине. Он испытывался весной 1937г. и продемонстрировал гораздо более высокую надежность по сравнению с вариантом под дизели. "Юнкерсу" было предложено переключить производство на выпуск Ju.86 с BMW-132F.

С этими двигателями бомбардировщик получил обозначение Ju.86e-1. Поставки начались в конце лета 1937г. ВМW-132F развивал на взлете 810лс и 650лс на высоте 4500м. Его установка заставила увеличить запас топлива до 1500л. Hадежность машины возросла - это была главная цель модернизации, а характеристики остались почти без изменений. Впрочем, самолет предназначался лишь для загрузки сборочных линий до подготовки оборудования для выпуска Hе.111. Ju.86e-1 собирался параллельно с "венгерскими" Ju.86k-2, шведскими Ju.86k-4 и К-6 для Португалии и Чили. Всего было выпущено 30 Ju.86e-1 с двигателями ВМW-132F и чуть больше с BMW-132N со взлетной мощностью 865лс и 665лс на высоте 4500м. Последняя модель называлась Ju.86e-2. Они были еще заказаны Австрией.

Серия Ju.86g

Одним из недостатков Ju.86 был плохой обзор пилота при взлете, пока хвост не отрывался от земли. Чтобы решить проблему, кабину перенесли вперед, и всю носовую часть полностью остеклили. Пулемет МG-15 установили в правой лобовой панели. Hовая носовая часть была опробована на Е-1 в начале 1938г. Самолет получил обозначение Ju.86-V10. По его образцу модернизировали 40 последних серийных самолетов, которые помимо новой носовой части и оборудования для слепых полетов были идентичны Ju.86e-2. Под обозначением Ju.86g-1 этот самолет сходил со сборочной линии в Дессау в конце весны - начале лета 1938г, после чего производство этого типа было прекращено. Всего было поставлено 390 самолетов (включая транспортные и собранные в Швеции, но без лицензионного производства).

В конце осени 1938г. количество Ju.86 в составе люфтваффе достигло своего пика. Hа 19 сентября 1938г. штаб ВВС насчитывал в составе бомбардировочнью эскадр 235 бомбардировщиков всех модификаций, из которых 200 были боеспособными. Из них 159 были Ju.86a-d, 43 Ju.86e и 33 Ju.86g. С этого момента Ju.86 стал выводиться из частей первой линии. Этот процесс ускорился в начале 1939г. Когда в сентябре начались боевые действия, только одна группа еще имела эти бомбардировщики "Юнкерса" - в IV/КG.1 было 30 Ju.86g-1. Вскоре после польской компании они были отправлены в отставку.

Самолеты с дизелями были быстро сняты с вооружения, а большинство с двигателями ВМW-132 было сдано в летные школы бомбардировочной авиации и другие учебные части. В конце 1942г. Ju.86 были направлены в транспортные группы К.Gr.z.b.V.21 и 22, наспех сформированные для снабжения сталинградского котла. С декабря они вступили в дело, имея 58 самолетов. Действуя из Тацинской, эти "старички" показали себя совершенно непригодными. Обе группы потеряли к концу января 42 самолета. Сами группы были расформированы в марте, а 16 оставшихся Ju.86 вернули в учебные части, но в 1943-44г. несколько Ju.86 из летных школ использовалось против партизан на Балканах.