Главный конструктор авиазавода 22 по самолету Пе-2 А. Путилов был человеком увлекающимся. Он отлично помнил о том, что "пешка" первоначально создавалась как высотный истребитель, и решил довести ее в этом варианте до серийного производства. Формально такое задание никто не отменял: ведь еще в 1941 г. СНК обязал КБ Петлякова изготовить пять Пе-2 в варианте высотного истребителя с гермокабинами и передать их на государственные и войсковые испытания. Однако внедрение бомбардировочной модификации на четырех заводах(планировался и пятый, в Харькове), а затем война спутала все карты.
Лишь во второй половине 1942г. Путилов, сменивший Изаксона на посту главного конструктора (Петляков, как известно, погиб в катастрофе в январе 1942 г.), смог снова приступить к реализации давних идей. В декабре 1942 г. ОКБ-22 получило официальное "добро" от НКАП на постройку высотного двухмоторного истребителя. Сроки, как всегда в войну, были очень жесткими: первый полет планировался на конец февраля следующего года.
В конце января 1943 г. макет истребителя Пе-2ВИ с моторами М-105ПД (нагнетатели В.А. Доллежаля) предъявили комиссии НИИ ВВС. Собственно, ей продемонстрировали макет гермокабины (одноместной, только для летчика), винтомоторную группу с М-105ПД на опытном Пе-2 (зав. номер 12/138), дистанционно управляемую оборонительную установку ДЭУ-1 с пулеметом УБК, почти готовый планер самолета Пе-2ВИ без моторов, а также чертежи и схемы. Площадь крыла самолета в будущем собирались увеличить на 2,5 кв.м. Комиссия утвердила макет, внеся ряд мелких изменений.
К маю 1943 г., после преодоления многочисленных неувязок и трудностей, Пе-2ВИ (зав. номер 15/161) был готов к полетам. Нужно отметить, что к этому времени моторы М-105ПД не удалось довести, поэтому они частенько отказывали и не обеспечивали требуемой высотности. Путилов решил второй экземпляр машины оснастить другим вариантом силовой установки - моторами М-82НВ с турбокомпрессорами ТК-3. Опыт создания Пе-2 с этими моторами в КБ уже имелся: накануне успешно прошел испытания опытный самолет зав. номер 19/31.
В первых полетах Пе-2ВИ с М-105ПД выявились дефекты гермокабины, в которой уже на рулежке быстро нарастала температура и запотевали стекла. Впрочем, Путилов рассчитывал быстро управиться с недостатками, а пока доложил "наверх": высотный истребитель, созданный на базе Пе-2, уже летает. Результат доклада оказался ошеломляющим.
В то время авиация флота испытывала большую нужду в дальнем двухмоторном истребителе для прикрытия северных конвоев, операций легких сил на Черном море и т.п. По прошествии полугода с момента прекращения производства Пе-3бис разведывательные полки ВВС КА также нуждались в пополнении, поскольку по дальности полета серийный вариант Пе-2 "разведчик" уступал "тройке". Как всегда, самолеты нужны были "еще вчера". Поэтому 28 мая 1943 г. ГКО своим постановлением обязал завод 22 приступить со следующего месяца к серийному выпуску... истребителей Пе-3. Никаких гермокабин, никаких дистанционно управляемых пулеметов, никаких нагнетателей Доллежаля: использовать только серийно выпускающиеся моторы и оборудование. Детально ознакомившись с тактико-техническими требованиями, Путилов понял: ему фактически приказали организовать постройку Пе-2И образца 1941 г., но с моторами М-105ПФ.
Предписывалось снять с серийного Пе-2 пулемет и броню стрелка-радиста, разместив на освободившемся месте 500-литровый бензобак. На месте бомбоотсека следовало смонтировать две пушки ШВАК со 160 снарядами на ствол. Пулемет УБК с 150 патронами оставался в носовом обтекателе, а в хвостовом необходимо было разместить ШКАС.
И тут Путилов позволил себе не согласиться с заданием. Он считал, что в том виде, в каком истребитель был заказан, он уже не соответствовал требованиям времени (заметим, что и заказывающее управление ВВС, формулируя требования к двухмоторному истребителю на 1943 г., хотело получить куда более современный самолет с максимальной скоростью 650 км/ч, дальностью полета не менее 2000 км и вооружением, включавшим две пушки калибра 23 мм (или 37 мм) и три-пять крупнокалиберных пулеметов). По мнению главного конструктора, следовало делать ставку на Пе-2ВИ, а вовсе не на устаревший Пе-3.
Но он недооценил последствий свое-го шага. У наркомата имелся большой "зуб" на Путилова: в ходе серийного производства летно-технические данные Пе-2 в основном ухудшались из-за увеличения полетной массы и снижения качества производственного исполнения. Так, максимальная скорость у "пешек" некоторых серий 1943 г. уменьшилась до 480-490 км/ч. Несмотря на огромную проделанную работу, самолет никак не могли заставить летать на одном моторе без снижения, хотя в руках опытных летчиков-испытателей новенькая, только что с конвейера, машина еще держалась "в горизонте", да и то на высоте не более 1000 м. Залатанные боевые самолеты, с отработавшими по 40-50 часов моторами, нередко прошедшими переборку, этого уже не могли. А тут Путилов с его "высотниками" и особым мнением...
Терпение руководства НКАП лопнуло, и на заводе 22 появился новый главный конструктор по самолету Пе-2 В.М. Мясищев. Ознакомившись с положением дел, он, в сущности, поддержал точку зрения Путилова относительно нецелесообразности восстановления производства Пе-3. Однако он с прохладцей отнесся к "высотникам" своего предшественника, передав работу по доводке Пе-2ВИ в ЛИИ, а позднее - на авиамоторный завод 26, где она благополучно "заглохла" к концу года. Вскоре вместо Пе-3 завод получил задание на развертывание серийного производства Пе-2 с моторами М-82. Но и это решение оказалось не вполне обоснованным: после выпуска небольшой серии машин, отличавшихся обилием дефектов винтомоторной группы, завод прекратил их постройку осенью 1943 г. И тут снова всплыл вопрос о Пе-3... Мясищев уже не мог возражать - у него к этому времени тоже было "рыльце в пушку".